Từ khi triều đình Huế cắt Hà Nội thành nhượng địa của thực dân Pháp thì Văn Miếu Hà Nội giao cho quan tỉnh Cầu Đơ (sau đổi là Hà Đông) quản lý. Vì vậy trung tâm văn hóa của Hà Nội chuyển về đền Ngọc Sơn nằm ở giữa hồ Hoàn Kiếm. Đền Ngọc Sơn là trụ sở của hội Phả đền, sau đổi thành hội Hướng Thiện do ông Nghè Vũ Tông Phan làm Hội trưởng, tiếp đó là Phương Đình Nguyễn Văn Siêu làm Hội trưởng. Ông cử Ngô Văn Dạng thường xuyên đến đền Ngọc Sơn, có nhiều đóng góp quan trọng vào việc in ấn sách để tổ chức lễ kỷ niệm các anh hùng dân tộc.

   Ông cử Kim Cổ là một nhà sư phạm mẫu mực, học trò người Hà Nội và các tỉnh theo học rất đông, khoa thi nào cũng có người đỗ Đại khoa..

   Dựa vào thế lực của giặc pháp và sự nhu nhược, đầu hàng của triều đình Huế, tên lái buôn Jean Dupuis rất ngang ngược, ngang nhiên cho quân cướp phá phố phường.

   Cử nhân Ngô Văn Dạng đã cùng với thày là Hoàng giáp Lê Đình Diên phát động nhân dân Hà Nội phản đối sự lộng hành của Jean Dupuis. Ông sử dụng lực lượng đông đảo nhân dân ngăn chặn, đánh đuổi quân lính của Jean Dupuis, lính Vân Nam, đám tàn quân của Tạ Văn Phụng cùng dân công giáo quá khích cướp phá các phố.

   Một lần Hoàng giáp Lê Đình Diên ngăn cản hai tên Pháp và một tên người Nam nhòm ngó địa thế Cửa Nam, ông lên tiếng xua đuổi chúng. Lập tức một tên lính Pháp xông lại đánh ông làm ông ngã từ trên cáng xuống đất. Ông Huấn đạo huyện Thọ Xương dạy học ở gần đó liền đưa học sinh ra đánh giặc giải vây cứu thày. Ông cử Ngô Văn Dạng nhận được tin liền lập tức đến thăm thày đang phục thuốc ở trường phố Hàng Đậu và thông báo cho các thân sĩ, nho sinh cùng nhân dân Hà thành biết. Ngay chiều hôm đó, các học trò và cả cựu học trò các trường Kim Cổ của cử nhân Ngô Văn Dạng, trường Vũ Thạch của ông cử Nguyễn Huy Đức và nhân dân Hà thành tổ chức cuộc họp ở Văn Miếu bàn việc trừng trị Jean Dupuis và tên Lý Dương Tài cầm đầu 200 tên thổ phỉ Tàu đánh thuê cho Jean Dupuis.

   Cuộc họp đã quyết định thành lập đội nghĩa quân, trong đó 242 người ở trong văn hội Thọ Xương và môn sinh các trường lớn, 150 người là các văn hữu ở các huyện Thanh Trì, Hoài Đức (Hà Đông), 92 người là thanh niên các phố phường và nông dân, các Nghĩa hội. Các nhà nho và quân sĩ tôn Hoàng giáp Lê Đình Diên làm thủ lĩnh, cử nhân Ngô Văn Dạng làm chỉ huy trưởng. Cử nhân Ngô Văn Dạng chia quân làm nhiều đội theo đơn vị trường học và khu dân cư, cắt đặt các xuất đội trưởng chỉ huy. Các lớp huấn luyện võ nghệ tổ chức vào ban đêm để giữ được bí mật. Ban ngày nghĩa quân chia nhau đi các phố phường và vùng nông thôn quyên góp tiền bạc để mua vũ khí, ủng hộ lương thực, thực phẩm để nuôi quân. Cử nhân Ngô Văn Dạng còn xây dựng các cơ sở hậu cứ ở vùng nông thôn ngoại thành, đề phòng trong thành gặp khó khăn thì rút ra đó củng cố, bổ sung lực lượng.

   Đội nghĩa quân của cử nhân Ngô Văn Dạng đang khẩn trương luyện tập thì nhận được thông sức của Thái tử Thiếu bảo Nguyễn Tri Phương Đổng suất Quân vụ Đại thần kiêm Kinh lược Bắc Kỳ cho các tỉnh, huyện, phủ phải gấp rút chuẩn bị lực lượng, trang bị vũ khí để đánh quân Pháp xâm lược.

   Khi đội quân nghĩa dũng đã được huấn luyện về sử dụng vũ khí, thế tiến lui, phục kích, công đầu, diệt viện thì ông cử Ngô Văn Dạng quyết định trừng trị bọn Jean Dupuis. Mục tiêu được chọn là kho đạn 200.000 viên của quân Pháp ở bờ sông Hồng. Ngày 7 tháng 11 năm 1873, Ngô Văn Dạng làm lễ xuất quân. Trước giờ xuất phát, ông cử đọc hai câu thơ:
  
      Chí tại tiêm cừu thành khổ nhục
      Tâm năng cứu quốc khởi cam sinh
Dịch:
      “Chí đã quyết định giết kẻ thù mà thành ra bị đánh dấu
      Lòng biết dốc, biết cứu nước lẽ nào cam chịu sống uổng”

   Khi màn đêm buông xuống, Ngô Văn Dạng phái một đội cảm tử quân bí mật đột nhập vào kho đạn rồi dùng kế hỏa công. Kế hoạch trên bị lộ, bọn giặc bắn trả dữ dội. Nghĩa quân không có súng bắn nhanh để tiêu diệt bọn lính, nên không tiếp cận được kho đạn, nên trận đánh không thành. 

   Không chịu bó tay, hai ngày sau ngày 9 tháng 7 năm 1873, Ngô Văn Dạng tổ chức trận đánh phục kích trên bờ đê lối Jean Dupuis và bọn lính từ tầu chiến lên đi qua. Trận đánh không diệt được Jean Dupuis nhưng bắt sống được mấy tên lính Vân Nam và Ngô Văn Dạng đã lệnh tha cho chúng. Hai trận đánh không thành, nhưng đã làm cho Jean Dupuis và quân lính của hắn hoảng sợ không dám hống hách, cướp bóc trong phố như trước nữa. Quan tỉnh Hà Nội là Bùi Thúc Kiên nghe tin phái đoàn Pháp sắp ra dàn xếp việc Jean Dupuis, nên phải chấp hành dụ của triều đình khiển trách tiến sĩ Lê Đình Diên và cử nhân Ngô Văn Dạng tha cho mấy tên lính Vân Nam và bắt giải tán nghĩa quân. Việc này khiến nhân dân Hà Nội bất bình.

   Ngày 20/11/1873 khi Francis Garnier đánh thành Hà Nội, Ngô Văn Dạng lại tập hợp nghĩa quân đánh vào sau lưng quân Pháp. Thành Hà Nội thất thủ, Nguyễn Tri Phương tuẫn tiết, thành mất nhưng nghĩa quân Ngô Văn Dạng vẫn không ngừng phục kích, tập kích quân Pháp cho đến khi quân Pháp rút khỏi Hà Nội và các tỉnh Bắc Kỳ theo Hiệp ước ký với triều đình, ông mới giải tán nghĩa quân, tiếp tục dạy học. Học trò của ông sau này có nhiều người tham gia vào các tổ chức chống Pháp. Ông mất năm 1885.