Nguyễn Quyền sinh năm 1869, quê ở làng Thượng Trì, tục gọi là làng Đìa, tổng Thượng Mão, phủ Thuận Thành, tỉnh Bắc Ninh, nay thuộc xã Hoài Thượng huyện Thuận Thành, tỉnh Bắc Ninh. Ông thi đỗ tú tài khoa Tân Mão (1891).

Cuối năm 1905, ông được bổ nhiệm làm Huấn đạo Phủ Lạng. Gọi là Phủ, nhưng chỉ là tỉnh nhỏ Lạng Sơn, vì quan Tổng đốc Lạng Sơn là Vi Văn Lý (con trai Vi Văn Định) tư xin phủ Thống sứ bổ cho một quan giáo chức là dạy học trò bản tỉnh. Vì vậy phủ Thống sứ mới bổ nhiệm ông. Nguyễn Quyền dạy học, nhưng học trò ít lắm, nên có thời giờ đọc Tân thư của Trung Quốc, do chí sĩ Duy tân Trung Quốc soạn hoặc dịch của các nước châu Âu, châu Mỹ như “Trung Quốc hồn”, “Quần kỹ quyền giới luận”. Ông cũng đã tiếp thu được những tư tưởng tân tiến trong Tân thư.

Qua một số lần tiếp xúc của Nguyễn Quyền với Lương Văn Can và một số nhà nho yêu nước khác, các cụ đã quyết định mở trường nghĩa thục tại Hà Nội, đặt tên là Đông Kinh nghĩa thục. Với lòng thiết tha đào tạo nhân tài cho đất nước, Nguyễn Quyền từ chức đốc học Lạng Sơn về Hà Nội tổ chức trường. Lương Văn Can được cử làm thục trưởng, Nguyễn Quyền khi đó 38 tuổi được cử làm giám học. Hai ông là những người đứng mũi chịu sào, chèo lái con thuyền Đông Kinh nghĩa thục.

Những hoạt động của Đông Kinh nghĩa thục khiến cho thực dân Pháp tức tối.

Vì vậy cuối năm 1907, phủ Thống sứ Bắc Kỳ đã ra quyết định rút giấy phép của Đông Kinh nghĩa thục lấy cớ trường này đã làm náo động lòng dân, cấm các cuộc diễn thuyết bình văn, tài liệu của Đông Kinh nghĩa thục bị tịch thu. Đông Kinh nghĩa thục giải tán ít lâu, Thống sứ Bắc Kỳ buộc Nguyễn Quyền trở lại ty giáo huấn với chức vụ giáo thụ phủ Phù Ninh, tỉnh Phú Thọ. Nguyễn Quyền về nhận chức giáo thụ ở Phù Ninh được một tháng thì bị giặc Pháp bắt giải à Nội, giam ở Hỏa Lò. Các ông Lê Đại, Võ Hoành, Dương Bá Trạc, Hoàng Tăng Bí… cũng đều bị bắt. Nguyễn Quyền bị giam ở Hỏa Lò 9 tháng thì cùng các ông trên bị Pháp đưa ra Hội đồng Đề hình (Comission criminelle) xét xử. Hội đồng này khép Nguyễn Quyền vào án “Trảm giam hậu” sau đổi thành án khổ sai chung thân đầy ra Côn Đảo vào năm 1909.

Năm 1930, Nguyễn Quyền được trả tự do được coi là “Cứu xét vô can” (Xét ra không can phạm tội gì) nhưng bị an trí ở tỉnh lỵ Bến Tre, Dương Bá Trạc ở Long Xuyên, Võ Hoành ở Sa Đéc, Hoàng Tăng Bí ở Huế, Phan Chu Trinh ở Mỹ Tho.

Nguyễn Quyền bị an trí, song vẫn nặng lòng yêu nước, vẫn giao du với những nhà chí sĩ yêu nước trong vùng lục tỉnh, mở tiệm may tại thị xã Bến Tre làm nơi giao thiệp, liên lạc với bên ngoài, vận động quần chúng góp tiền bạc gửi sang Nhật giúp Phan Bội Châu.

Năm 1941, Nguyễn Quyền bị bệnh bướu ở cổ. Vào 12 giờ đêm ngày 24-6 năm Tân Tỵ (18-7-1941) ông từ trần. Mộ táng ở làng Tân Xuân gần xã Rạch Vạc, tỉnh Sa Đéc).