Ông đỗ Hương cống khoa Kỷ Dậu, Tự Đức thứ 2 (1849) tại trường thi Gia Định cùng với Nguyễn Thông. Ông không làm quan mà dời về ở làng Phong Điền, tỉnh Cần Thơ, nay là xã Nhân Ái, huyện Châu Thành, tỉnh Cần Thơ dạy học, làm thơ, bốc thuốc.

Kể từ khi giặc Pháp xâm lược Việt Nam, Phan Văn Trị đứng hẳn về phe chủ chiến. Ông cùng với các bạn bè chung chí hướng như Nguyễn Thông, Bùi Hữu Nghĩa bàn bạc kế sách cứu nước và giúp đỡ phong trào kháng chiến. Phan Văn Trị làm rất nhiều văn thơ chống Pháp, có thể nói đó là những bài văn thơ chống Pháp đầu tiên.

Năm 1862, quân Pháp gây hấn ở Gia Định, ông tránh xuống Vĩnh Long cùng Nguyễn Đình Chiểu, Huỳnh Mẫn Đạt ủng hộ phong trào kháng chiến. Trong những bài thơ chống Pháp, ông căm thù giặc Pháp đến tột độ và biểu lộ sự phẫn uất của các dân tộc lên án triều đình Huế hèn nhát đầu hàng. Trong đó có bài:

GIA ĐỊNH THẤT THỦ PHÚ

Thương thay đất Gia Định, tiếc thay đất Gia Định
Vực hóa nên cồn; Đất bằng dậy sóng
Tàu khói chạy máy tuôn sông mấy khúc, lờ lạt bến Trâu
Dây thép dăng nhấp nhoáng, đất ngàn trùng ngàn thành Phụng
Bờ cõi phân chia khác mặt, trông xa như quáng như mờ, Non sông dời đổi họa mi, tưởng tới dường si dường tủng.
Lớp cũ tàn, lớp mới mọc, dọc ngang xe ngựa đất gò bằng, Dấu trước lấp, dấu sau bồi, tan nát chợ nhà trời sấm động.
Inh ỏi súng rền kinh cửa Bắc, hãi hùng trăm họ dứt câu ca,
Tò le kèn thổi tối trời Nam, ngơ ngác năm canh không tiếng trống.
Hào kiệt tìm phương lánh, sa cơ giá hạc lúc hư kinh, Anh hùng kiêm chốn ẩn thân, sút thế nước cờ cơn lúng túng.
Tới Bến Thành trải qua Chợ Đũi, loài tinh chiên loạn xạ biết bao nhiêu, Nơi Chợ Lớn sắp đến Cầu Kho, quân mọi rợ lẫy lừng khôn xiết những.
Tầu Bà Nghè cùng nơi Chợ Quán, quỷ hung tàn đắc ý vểnh râu; – Chùa Cầm Thảo trải tới Cây mai, Phật Bồ tát chịu nghèo ôm bụng.
Nơi nơi nổi xóm mới nhà Tây, Chốn chốn lập đồn cạnh ụ súng.
Ngậm ngùi thay ba bốn làng Gò Vấp, cây cỏ khô thân thế đều khô; Đau xót lẽ mười tám thôn Vườn Trầu, hoa trái rụng người đời cũng rụng.
Mấy dặm: Gò Đen, Rạch Kiên, ngọn lửa thiêu sự nghiệp sạch không, Đòi nơi Rạch Lá, Gò Công, trận gió quét cửa nhà trông rỗng.
Tiếng kêu oan, oan này bởi nước, hồn nhân dân biết dựa vào đâu; Thân liều chết, chết cũng vì vua, xương nghĩa sĩ chất đà nên đống.
Sông núi đào, mồ xiêu mả lạc, thương thay người thác chẳng an hồn; Đường xá đắp cửa nát nhà tan, cực bấy kẻ cồn không nổi sóng.
Sau trước vầy đoàn xâm lược, dân ta đòi bữa đòi suy, Đêm ngày ỏi tiếng Lang Sa, thế nó càng ngày càng lộng.
Cờ Thành Thang sao không thấy phát, bỏ liều con đỏ trước chông gai; Áo Vũ Vương sao chẳng thấy gây, nỡ để dân đen trong bùn vũng
Đầu Trung Nguyên tóc hãy còn dài, ơn này nhờ có Bá, học Xuân Thu xin chớ biếm Hoàn Công, Tay tả nhẫm áo kia khỏi mặc, việc ấy bởi vì ai, đọc Luận ngữ cớ sao chê Quản Trọng.
Bóng xế dặm ngàn trông man mác, nước non này ai thấy cũng buồn; Trời chiều chim chóc nhảy lăng xăng, tình cảnh ấy lòng nào chẳng động.
Ta nay nhân cảm với cuộc đời, Vậy nên tả một bài đề chúng!

Năm 1857, Vĩnh Long rơi vào tay quân Pháp, Phan Văn Trị thốt ra những lời thơ đau đớn, chua cay vì sự bất lực của triều đình nhà Nguyễn. ông làm bài thơ:

MẤT VĨNH LONG

Tò le kèn thổi tiếng lăm, ba
Nghe lọt vào tai dạ xót xa
Uốn khúc sông Rồng mù mịt khói
Vàng hoe thành Phụng ủ sầu hoa
Tan nhà căm nỗi câu ly hận
Cắt đất, thương thay cuộc giảng hòa!
Gió bụi đòi cơn xiêu ngã cỏ
Ngậm cười hết nói nỗi quan ta.

(Thơ văn yêu nước nửa sau thế kỷ XIX: trang 79).

CON MUỖI

Muỗi hỡi, thân mi sướng mọi điều
Thiếu chi chi nữa lại còn kêu
Gương ngà, chiếu ngọc từng nương dựa
Má phấn môi son cũng ấp yêu
Béo miệng chẳng thương con trẻ dại
Cành hông nào đoái chúng dân nghèo
Ngày sao miễn gặp cây xơ quất
Xử tội nhà người mắt chẳng nheo!

Phan Văn Trị là một trong những sĩ phu đề ra phong trào “tỵ địa” được đông đảo các sĩ phu và nhân dân ba tỉnh miền Đông bị giặc chiếm đến ở các tỉnh còn thuộc triều đình quản lý, gây cho giặc Pháp nhiều khó khăn trong việc quản lý nhân khẩu, ổn định tình hình kinh tế chính trị ở vùng chúng vừa chiếm đóng.

Phan Văn Trị cũng là người khởi xướng, tiên phong trong cuộc bút chiến với Tôn Thọ Tường, một tên bồi bút tay sai đắc lực cho bọn xâm lược Pháp. Tôn Thọ Tường đã múa mép, khua môi, khoe khoang công nghệ chiến tranh hiện đại của giặc Pháp như súng trường bắn nhanh, đại bác, tàu chạy bằng hơi nước, khinh khí cầu; và giải thích rằng lực lượng quân sự của ta lạc hậu, tinh thần dân ta kém cỏi không tài nào địch nổi quân Pháp. Lời thơ của ông tố cáo tội phản quốc của tên bồi bút Tôn Thọ Tường rất gay gắt. Ông nhiếc móc Tôn Thọ Tường là “đứa ngu” “kẻ đáy giếng trông trơ mắt ếch”, “loại tanh nhơ”.

Trong cuộc bút chiến bằng thơ, có thể nói đây là cuộc bút chiến vạch tội bọn bán nước đầu tiên ở Việt Nam đã thu hút được các nhà thơ yêu nước ở Nam Kỳ như Bùi Hữu Nghĩa, Huỳnh Mẫn Đạt tham gia, dấy lên một phong trào chống Pháp trong thơ văn quyết liệt, sôi động ở Nam Kỳ. Đến nay các nhà nghiên cứu thơ văn yêu nước Việt Nam mới tập hợp được khoảng trên 50 bài.

Trong trận bút chiến này Phan Văn Trị đã huy động được đông đảo sĩ phu có tên tuổi như Bùi Hữu Nghĩa, Huỳnh Mẫn Đạt, Lê Quang Chiểu tham gia, nhưng Phan Văn Trị là cây bút xông xáo, tiêu biểu nhất.
Cuộc bút chiến do Phan Văn Trị khởi xướng còn kéo dài tới mấy chục năm sau, khi Tôn Thọ Tường đã chết, vì còn có nhiều tên “Tôn Thọ Tường” khác theo giặc.

Giặc Pháp thấy Phan Văn Trị có uy tín lớn trong giới sĩ phu và nhân dân lục tỉnh tìm cách dụ dỗ, mua chuộc ông ra làm quan và thôi không viết những bài đả kích người Pháp và những người làm việc cho Pháp. Phan Văn Trị đã kiên quyết từ chối, sống thanh cao trong cảnh nghèo nàn. Ông mất năm 1910, thọ 80 tuổi.