Thiền Sư Henepola Gunaratana xuất gia năm mười hai tuổi ở Malandeniya, Tích Lan. Năm 1947, ở tuổi hai mươi, ngài thọ giới trọng ở Kandy. Ngài đã theo học tại trường Đại học Cộng Đồng Vidyasekhara (Vidyasekhara Junior College) ở Gumpaha, đại học Vidyalankara ở Kelaniya và trường đại học Truyền Giáo Phật giáo (Buddhist Missionary College) ở Colombo. Sau đó Sư chuyển đến Ấn Độ để làm nhiệm vụ truyền giáo trong thời gian năm năm cho hội Mahabodhi, phục vụ người Harijana (thuộc giai cấp hạ tiện) ở Sanchi, Delhi, và Bombay. Sau đó Sư trải qua 10 năm truyền giáo ở Malaysia, làm nhiệm vụ của người cố vấn tôn giáo cho Hội Sasana Abhivurdhiwardhana, Hội Truyền Giáo Phật giáo, và Liên Đoàn Thanh Niên Phật Giáo (Buddhist Youth Federation) ở Malaysia. Sư là giảng sư ở trường Kishon Dial và trường Temple Road Girls’ và là viện trưởng của viện Phật Học ở Kuala Lumpur.

Theo lời mời của Hội Sasana Sevaka, Sư sang Mỹ năm 1968 để làm tổng thư ký cho Hội Chùa Phật giáo (Buddhist Vihara Society) ở Washington, D.C. Vào năm 1980, Sư được bầu làm chủ tịch của Hội. Trong những năm ở Vihara, từ 1968 đến năm 1988, Sư đã dạy nhiều khóa giáo lý, tổ chức các khóa an cư tu thiền và đi thuyết pháp khắp nơi trong nước Mỹ, Canada, Âu Châu, Úc, Tân Tây Lan, Phi Châu, và Á Châu. Ngoài ra, từ năm 1973 tới năm 1988 thiền sư Gunaratana đã giữ chức vụ là tuyên úy Phật giáo ở đại học American.

Sư cũng đã hoàn tất việc học vấn của mình với bằng tiến sĩ về triết học ở đại học American. Sư đã dạy nhiều khóa về Phật giáo ở đại học American, đại học Georgetown, và đại học Maryland. Nhiều sách và bài viết của Sư đã được xuất bản ở Malaysia, Ấn Độ, Tích Lan, và Mỹ. Quyển sách Căn Bản Chánh Niệm (Mindfulness in Plain English) đã được dịch ra nhiều thứ tiếng và phát hành trên toàn thế giới. Một bản dịch tiếng Thái đã được chọn để sử dụng trong chương trình học bậc trung học ở khắp Thái Lan.

Từ năm 1982 thiền sư Gunaratana đã giữ chức vụ Chủ Tịch của Hội Bhavana, một tu viện và cũng là trung tâm tu thiền ở một khu rừng của miền Tây Virginia (gần thung lũng Shenandoah), mà Sư đã cùng với Matthew Flickstein thành lập. Thiền sư Gunaratana hiện trú xứ ở Hội Bhavana, nơi Sư thường tổ chức các lễ thọ giới xuất gia, dạy dỗ tăng ni, và tổ chức các khóa tu thiền cho cư sĩ. Sư thường đi hoằng pháp và hướng dẫn tu thiền khắp nơi trên thế giới.

Vào năm 2000, thiền sư Gunaratana đã được đại học Vidyalankara tặng thưởng huân chương vì những thành tựu vượt bực trong cuộc đời của Sư.