Sau khi bình định Nam Trung, Gia Cát Lượng kiên trì chính sách phủ dụ, lấy phương châm là sử dụng người có danh vọng, cũng tức là nói lợi dụng triệt để những nhân vật lãnh đạo có danh vọng ở đấy để làm những quan lại lãnh đạo hành chính, thậm chí lựa chọn những nhân vật quan trọng của Nam Trung làm quan chức của triều đình, ví như Mạnh Hoạch sau này làm quan đến Ngự sử, có cống hiến rất lớn đến sự ổn định chính trị của Thục Hán.

Sách lược này nghĩ đến cải cách triệt để tập tục mấy trăm năm người Hán áp bức dân tộc thiểu số, tự nhiên lập tức gặp phải sự phản đối mạnh mẽ của những phần tử bảo thủ, họ cho rằng chẳng thể dựa vào những lãnh tụ thiểu số, chính sách nhân sự phóng nhiệm này sẽ nguy hại đến quyền thống trị của triều đình.
Song Gia Cát Lượng lại kiên quyết phản đối, ông ta không nghĩ ngợi xa xôi, trái lại lấy lập trường thực tế để phân tích lợi hại. Ông ta cho rằng, vùng Nam Trung nếu lấy người Hán để quản lý sau chiến tranh thì sẽ có ba điều bất lợi.
Thứ nhất: Nếu như lấy người Hán làm Trưởng quan hành chính, ắt sẽ phải có quân đội để bảo hộ Nam Trung rất lớn. Số quân đóng ở đây nhiều sẽ hao phí quân lương của quốc gia, đối với quốc sách cơ bản của Thục Hán là kháng cự với Tào Ngụy, thì khá là bất lợi.
Thứ hai: Chiến sự bình Nam lần này Di tộc ở phương Nam bị chết chóc rất nhiều. Tuy đã có hoà bình, song mối thù cha anh bị giết chẳng dễ quên dược. Nếu để người Hán ở lại vùng đó, ngày đêm thấy mặt, sẽ khá nguy hiểm.
Thứ ba: Dân tộc thiểu sô Nam Trung có văn hoá và những giá trị riêng của mình. Nếu người Hán thống trị, ví như cầm cân nẩy mực, cũng không có được tín nhiệm, lại làm tăng thêm sự hiểu nhầm giữa hai bên, tạo thành rất nhiều rắc rối sau này. Bởi thế ông ta quyết định lựa chọn chính sách, không lưu quân, không chuyển lương, để dân tộc thiểu số Nam Trung tự mình quản lý mình, khiến vùng này thành ra khu tự trị kỷ cương ổn định, Hán Di yên ổn.
Tuy nói rằng Gia Cát Lượng vẫn làm việc cẩn thận, song ông ta dứt khoát không giữ chính sách đặc quyền. Chỉ cần có lợi cho đại cục, sách lược hợp lý mà thông suốt, Gia Cát Lượng sẽ quyết tâm cải cách.
Song sử dụng người có danh vọng cũng không có ý hoàn toàn không quản lý gì, sẽ không dễ bình định được phản loạn, sự việc sẽ lại phát sinh. Để duy trì cục diện ổn định, Gia Cát Lượng lựa chọn không ít sách lược thi hành nhằm tăng cường sự khống chế của triều đình Thục Hán với khu Nam Trung. Một là: Về chế độ quận huyện hành chính ở Nam Trung khuyếch đại và kiện toàn cục diện chính trị thống nhất. Đổi Ích Châu làm quận Kiến Ninh, lại tách một bộ phận quận Kiến Ninh và Tang Ca thành quận Hưng Cổ, lại tách một bộ phận của Kiến Ninh và quận Việt Huề thành quận Vân Nam. Quận Ích Châu vốn phản loạn nghiêm trọng bị co nhỏ lại, cũng tức là bốn quận vốn có đổi thành sáu quận là Việt Huề, Kiến Ninh, Vân Nam, Vĩnh Xương, Tang Ca, Hưng Cổ, lại còn quận Chu Đề không tham gia phản loạn, nguyên là quận của Trù hàng đô đốc cai quản, cộng vào là bảy quận.

Lý Khôi bởi có công trong cuộc nam chinh từ Trù hàng đô đốc được đề bạt An hán tướng quân, kiêm Thái thú Kiến Ninh, và rời nhiệm sở về huyện Vỵ ở trung tâm (thuộc Vân Nam).
Chê độ quận huyện tăng cường sự giám sát của triều đình đối với các quan chức hành chính, để tránh thói bất lương truyền thống dễ dẫn tới sự bất mãn của các dân tộc thiểu số. Sự thu hẹp của quận cũng có lợi để giải quyết được thế lực địa phương quá lớn, dễ tạo thành tệ đoan cát cứ.
Thái thú các quận cơ hồ đều là những quan chức thông thuộc ở đấy, có ảnh hưởng lớn, lại hiểu được chính sách của Gia Cát Lượng ở Nam Trung. Những Thái thú mới được bổ nhiệm ở các quận như Vương Kháng ở Vĩnh Xương, Cung Lộc ở Việt Huề vốn đều là những quan chức cao cấp ở Nam Trung, Lý Khôi ở Kiến Ninh, Lã Khởi ở Vân Nam đều là những thủ lĩnh dân tộc thiểu số trung thành với triều đình. Họ sau này trở thành cầu nối giữa triều đình với dân tộc thiêu số về quan hệ và hoà hợp.
Hai là có kế hoạch làm yếu đi những Trưởng tộc, Di soái, cùng thu thập được những nhân tài tuấn kiệt. Ông hạ lệnh buộc di cư về Thục bắc những kẻ cứng đầu ở Nam Trung cùng với hơn một vạn hộ người Thành Khương. Như thế những cuộc phản loạn lớn ở Nam Trung cũng không thể xuất hiện song những cuộc phản loạn nhỏ vẫn xuất hiện không thôi, nhất ở quận Việt Huề thực là nghiêm trọng. Không lâu đến như Thái thú mới được bổ nhiệm ở Việt Huề là Cung Lộc cũng bị chết tại trận, may mà Tướng quân Trương Nghi dẫn quân đến mới dẹp yên được. Sự việc lại càng nghiêm trọng, cuối cùng lại phát sinh ở quận Kiến Ninh nơi Trù hàng đô đốc Lý Khôi đóng nhiệm sở. Tam quốc chí có chép: “Lý Khôi tự mình đến thảo phạt, tận diệt dư đảng phản loạn, lại bắt di chuyển về Thành Đô những kẻ cứng đầu”. Khá thấy Lý Khôi lần này đã không dùng chính sách phủ dụ mà dùng biện pháp cứng rắn, chẳng những dùng vũ lực tàn sát bè đảng phản loạn mà còn tăng cường không chế, khiến cho những cường hào và Di soái có ảnh hưởng lớn ở đấy đều phải chuyển về Thành Đô, để họ vĩnh viễn tách khỏi không khí chính trị ở Nam Trung.