Tháng 9/1889, Đề Yêm, một tướng lĩnh xuất sắc của nghĩa quân Bãi Sậy rời căn cứ kháng chiến ở vùng núi đá huyện Kim Bảng ( Hà Nam), Mỹ Đức, Hà Tây về núi Tuyết Sơn, nay thuộc xã Hương Sơn, huyện Mỹ Đức, tỉnh Hà Đông. Tại đây Đề Yêm nhận được sự ủng hộ nhiệt tình của tăng ni, phật tử, trong đó có Hòa thượng Thích Thanh Quyết, hiệu Đôn Mẫn, Động chủ Hương Sơn đời thứ tám (tổ thứ tám) chùa Hương Tích. Hòa thượng Thích Thanh Quyết là một tham mưu tài giỏi cho Đề Yêm.

   Sau trận đánh ngày 14/10/1891, nghĩa quân Đề Yêm tan tác vì không còn căn cứ, đạn dược, kho lương bị quân Pháp đốt cháy. Đề Yêm cho giải tán nghĩa quân rồi cùng viên tướng tâm phúc quê ở Bắc Ninh một chiến sĩ thiện xạ lên Yên Thế tham gia cuộc khởi nghĩa do Hoàng Hoa Thám lãnh đạo. Hòa thượng Thích Thanh Quyết giao cho Tỳ khiêu Thích Thanh Tích quản lý chùa Hương tích rồi theo Đề Yêm lên Yên Thế chiến đấu dưới cờ Hoàng Hoa Thám.

   Đề Thám biết tiếng hòa thượng Thích Thanh Quyết liền mời về trụ trì ở chùa Phồn Xương nằm ngay cạnh đại đồn Phồn Xương và làm tham mưu cho mình.

   Ngày 11/4/1892, Đề Sặt đầu độc Đề Nắm rồi đem đồng đảng cùng vũ khí ra hàng Pháp. Đề Thám phải đảm đương việc chỉ huy nghĩa quân. Trong những ngày tháng gian khổ đó, Hòa thượng Thích Thanh Quyết luôn luôn ở bên cạnh Đề Thám cùng bộ tham mưu bàn bạc kế hoạch tác chiến phá vỡ vòng vây của quân Pháp đang ngày càng thắt chặt.

   Quân Pháp sau trận thất bại ở Hố Chuối tháng 4/1894  phải điều đình ký Hòa ước với Đề Thám. Đề Thám cho xây dựng lại hệ thống đồn lũy. Hòa thượng Thích Thanh Quyết đề nghị với thủ lĩnh Hoàng Hoa Thám sửa chữa, xây dựng lại chùa Hả, trùng tu chùa Phố, thường gọi là chùa Nhã Nam. Chùa này bị đại bác Pháp bắn sập vào năm 1885, nghĩa quân đã dựng lại vào năm 1886.

   Trong thời gian hòa hoãn lần thứ hai với giặc Pháp, Thủ lĩnh Hoàng Hoa Thám cấp tiền bạc và giao cho hòa thượng Thích Thanh Quyết tiếp tục xây dựng lại, sửa chữa các chùa Phồn Xương, Chùa Lèo, chùa Thông… Các chùa này đều nằm trong vùng kiểm soát của nghĩa quân Yên Thế và đều án ngữ trên các con đường chiến lược, hoặc xây dựng trên các cao điểm, hoặc ở nơi giáp ranh với vùng kiểm soát của địch. Vì thế hòa thượng đều cho xây tường, đắp lũy, trồng tre bao quanh. Nếu chiến sự xảy ra thì mỗi ngôi chùa đều trở thành pháo đài đánh Pháp.

   Nhằm phát triển thế lực về các tỉnh đồng bằng Bắc Bộ, năm 1907 , Đề Thám cử các phái viên của mình về Hà Nội thành lập đảng Nghĩa Hưng, phối hợp với binh lính yêu nước trong thành Hà Nội tiến hành vụ “Hà Thành đầu độc” ngày 27/6/1908. Vụ đầu độc không thành. Thực dân Pháp biết Đề Thám là người chủ mưu vụ này, nên từ ngày 28/1/1909 (mùng 7 tết Kỷ Dậu), quân Pháp tập trung 15.000 quân liên tục mở các cuộc tấn công vào hầu hết các căn cứ của Đề Thám. Đề Thám và bộ Tham mưu đã anh dũng chống trả cho tới ngày 10/2/1913 (mùng 5 tết Quý Sửu) Đề Thám bị tay chân của Lương Tam Kỳ ám hại, cuộc kháng chiến kết thúc.

   Hòa thượng Thích Thanh Quyết thấy mình không thể ở lại Yên Thế được, nên quyết định trở lại chùa Hương Sơn. Hòa thượng đang chuẩn bị lên đường thì Hoàng Đình Điều tìm đến. Ông cho Hòa thượng biết mình đang chỉ huy một toán nghĩa quân hoạt động ở Tam Đảo, Vĩnh Phúc nhận được tin thủ lĩnh bị ám sát nên về nghe ngóng tình hình. Hòa thượng Thích Thanh Quyết cho biết sau khi thủ lĩnh bị ám hại giặc Pháp và lũ tay sai ráo riết truy lùng lùng những người đã tham gia nghĩa quân, ủng hộ nghĩa quân để giết hại và đưa đi tù đày, hòa thượng cũng chuẩn bị về Hương Sơn. Bọn quan lại tay sai thực dân Pháp đánh hơi được một nhà sư từng theo Đề Yêm, đã biến cả chùa thành đồn lũy đánh Pháp rồi lại lên Yên Thế theo “giặc Đề Thám” nay trở về chùa liền mật báo với tri phủ Mỹ Đức. Tri phủ cho lính về chùa Hương Sơn bắt hòa thượng về phủ tra khảo. Song đòn đánh, kìm kẹp không làm cho vị hòa thượng yêu nước sờn lòng. Thực ra bọn thực dân Pháp chẳng cần gì phải khai thác bí mật về cuộc khởi nghĩa Yên Thế, vì thủ lĩnh Đề Thám đã bị chúng sát hại, khởi nghĩa Yên Thế đã tan rã. Hành động tàn bạo của tri phủ Mỹ Đức chỉ nhằm moi tiền hối lộ. Và tên tri phủ tay sai của thực dân Pháp đã không giấu giếm điều đó khi ghé vào tai hòa thượng gạ gẫm: “Có tiền lễ thì tao tha cho!”. Hòa thượng Thích Thanh Quyết trả lời một cách mỉa mai: “Nếu quan lớn muôn ăn đút thì để tôi về chùa bán mấy ông Phật đi lấy tiền đút cho quan lớn!”.

   Câu trả lời của nhà tu hành khác nào cái tát vào mặt hắn, song cái mặt dầy của hắn vẫn chai lỳ. Suốt mấy tháng trời đánh đập, tra khảo nhà sư không được lợi lộc gì lại bị Phật tử và nhân dân phản đối, tên tri phủ buộc phải trả tự do cho hòa thượng trở về Hương Tích.

   Bị bọn tay sai giặc Pháp tra tấn, từ đó hòa thượng mang bệnh nặng, nhưng lòng yêu nước vẫn không nguôi. Bọn quan lại ở Hà Đông từ đó phải gọi Hòa thượng là “Tăng trung hào kiệt”.