Lê Ninh lớn lên trong lúc giặc Pháp đưa quân ra đánh chiếm  Trung Kỳ và Bắc Kỳ. Với chí khí đánh đuổi giặc ngoại xâm ra khỏi bờ cõi, khôi phục chủ quyền đất nước. Lê Ninh không học lối khoa cử thi đỗ làm quan mà ông chỉ ham tập võ nghệ, đọc binh thư để sau này cứu nước. Ngay từ khi giặc Pháp chưa đánh Bắc Kỳ lần thứ hai (1882). Lê Ninh đã lặng lẽ chuẩn bị kháng chiến, đem của cải trong nhà ra chiêu mộ hào kiệt các nơi, sắm sửa vũ khí, mua ngựa chiến, luyện quân, biến nhà mình thành đại bản doanh của nghĩa quân, lập căn cứ ở làng Trung Nghĩa, xã Cổ Ngư.

   Khoảng tháng 9 năm 1885, sau hơn một tháng kể từ ngày Tôn Thất Thuyết, Trần Xuân Soạn tấn công Toà Khâm sứ Pháp, đồn Mang Cá, Khu nhượng địa Pháp ở Kinh thành Huế (đêm 4 rạng ngày 5/7/1885) không thành. Tôn Thất Thuyết rước vua ra sơn phòng Quảng Trị, hạ chiếu Cần vương. Lê Ninh đem quân xuống đánh tỉnh thành Hà Tĩnh, giết Bố chính Lê Đại là kẻ theo Pháp (Lê Đại người xã Phan Xá, huyện Phong Doanh, nay là huyện Lệ Ninh, tỉnh Quảng Bình, đỗ Đệ tam giáp đồng tiến sĩ xuất thân khoa Kỷ Tỵ, Tự Đức 22 (1869) làm Bố chánh Hà Tĩnhh. Khi vua Hàm Nghi hạ chiếu Cần vương, Đại cùng quan văn, quan võ tỉnh Hà Tĩnh đều theo nghĩa quân. Nhưng sau phản lại theo quân Pháp và vua Đồng Khánh phản công nghĩa quân. Lê Đại bị Lê Ninh giết trong trận đánh thành Hà Tĩnh).

   Đánh xong ông thu chiến lợi phẩm rồi lên sơn phòng Hà Tĩnh yết kiến vua Hàm Nghi. Vua phong ông làm Bang biện quân vụ phối hợp với Phan Đình Phùng xây dựng căn cứ chống Pháp ở Trung Lễ. Quân Pháp cùng tên tay sai Nguyễn Thân đem quân đến triệt hạ làng Trung Lễ, tàn sát người già. trẻ em (Nguyễn Thân tay sai đắc lực của thực dân Pháp người huyện Mộ Đức tỉnh Quảng Ngãi). Lê Ninh lên vùng Bạch Sơn phối hợp với nghĩa quân Phan Đình Phùng giết giặc. Lê Ninh chiến đấu kiên cường dũng cảm. Ở căn cứ ông còn làm nhiều thơ phú ca ngợi cảnh đẹp của đất nước và chiến công tố cáo tội ác của giặc Pháp. Sau đây là bài Tự vịnh.

         TỰ VỊNH

      Hồi ức tiền niên nhập Tĩnh thành
      Bồi hồi ngũ dạ quý hư danh.
      Tâm phao vạn tuyến cương thường trọng
      Thân lịch thiên trùng chương vụ khinh
      Đãi đán hữu hoài phù địa trục,
      Chẩm qua khả tất yết thiên kinh.
      Thuỷ chung hoà tự hoàn ngu tống.
      Lam thuỷ, Hồng Sơn thệ thử sinh.
            (Tuyển tập thơ văn Việt Nam tập IV, NXB Văn hoá. 1953)

Dịch thơ:

      Nhớ lại năm qua lấy Tĩnh thành.
      Suốt đêm khắc khoải thẹn hư danh
      Lòng vò trăm mối cang thường trọng
      Thân trải muôn trùng chướng khí khanh
      Trục đất ước xang chờ sáng gấp,
      Đạo trời muốn tỏ gối gươm linh
      Chứ hoà ngu cả tôi vua Tống
      Thề với Hồng Lam trọn kiếp mình.
            (Khương Hữu Dụng dịch)

   Năm 1887, Lê Ninh ốm mất tại căn cứ. Nghĩa quân sợ quân giặc trả thù đào mả, đem thi hài ông chôn giấu ở bãi dâu quê vợ ông ở làng Phục Hậu, huyện Hưng Nguyên. Em trai và các con ông là Lê Khai, Lê Phác,. Lê Trực thay ông chỉ huy nghĩa quân trong cuộc khởi nghĩa của Phan Đình Phùng.