Nguyễn Thông sinh năm 1827, quê xã Tân Thạch, huyện Tân Bình, Gia Định, nay là chợ Kỳ Sơn, huyện Long An. Ông đỗ cử nhân khoa Kỷ Dậu, Tự Đức thứ 2 (1849) năm 23 tuổi, nhận chức Huấn đạo huyện Phong Phú, tỉnh An Giang, sau thăng đến Bố chính. Ông có tinh thần yêu nước mạnh mẽ. Năm 1856, ông được về Huế làm việc trong nội các tham dự khảo duyệt lộ Cương mục và soạn sách nhân sự kim gián.

   Năm 1859, giặc Pháp đánh chiếm thành Gia Định, ông 33 tuổi đang làm việc ở Huế, đã tình nguyện tòng quân trở lại Nam Kỳ làm việc dưới quyền Thống đốc Tôn Thất Hiệp. Ông đã cùng Trà Quý Bình lập Đồng Châu xã chống Pháp.

   Năm Tự Đức thứ 14 (1861), Kinh lược sứ Phan Thanh Giản tiến cử người có văn học, ông được thăng lĩnh Đốc học tỉnh Vĩnh Long. Sau đó được thăng thị giảng học sĩ lĩnh Án sát Khánh Hòa.

   Cũng trong thời gian này Nguyễn Thông liên lạc được với các sĩ phu, các thủ lĩnh khởi nghĩa, theo dõi, giúp đỡ cuộc kháng chiến của Trương Định và các cuộc khởi nghĩa của Hồ Huân Nghiệp, Phan Văn Đạt. Ông không trực tiếp cầm súng đánh Pháp mà sáng tác thơ văn ca ngợi cuộc kháng chiến chống Pháp của nhân dân lục tỉnh Nam Kỳ.

   Thơ văn Nguyễn Thông toát lên tinh thần yêu nước, hy sinh tính mạng mình cho đất nước. Trong thơ cũng thể hiện rõ tình yêu làng xóm, cây đa, giếng nước, yêu nhân dân, yêu đồng bào thắm thiết. Trong văn thơ của ông cũng bộc lộ tâm trạng day dứt, đau xót trước cảnh đất nước bị họa xâm lăng, lên án bọn xâm lược và bọn Việt gian bán nước, bọn đầu hàng giặc.

   Khi viết về Trương Định, ông vô cùng trân trọng tường thuật lại tài năng quân sự, đức độ của Trương Định. Trong đó có đoạn: “… Nhưng các người ứng nghĩa không muốn giải binh, cố lưu ông Định ở lại. Họ nói với nhau rằng: “Bọn Tây bị dân ta nhiều lần đánh lui, nay chúng được triều đình giảng hòa, chắc chúng sẽ giết hại bọn ta. Vả lại bọn Tây lấy binh lực ăn hiếp ta bắt hòa, nhưng chúng không thành thực, nay triều đình giảng hòa với chúng, bọn ta không nơi nương tựa, sao bằng hợp lực đánh lại chúng, giữ lấy một mảnh đất để cùng nhau bảo toàn sinh mạng”. Mọi người đều cho là phải, liền cử Trương Định giữ binh quyền. Lúc ấy có Phạm Tuất Phát ở Tân Long đem thư các hào nghĩa đến cử Định làm chủ soái để ra sức trừ giặc. Tức thì mọi người xây đàn tôn Trương Định làm chủ soái…”. và “…Định bị thương nặng, liệu không thoát khỏi, rút dao mang sẵn trong mình, tự vẫn chết. Năm ấy ông 44 tuổi”.

   Trong “Truyện Phan Văn Đạt”, Nguyễn Thông kể lại việc Phan Văn Đạt, Đỗ Trình Thoại khởi binh đánh Pháp. Ông viết: “Người Tây bắt được Văn Đạt, dọa tra tấn cực hình, nhưng Văn Đạt không hề run sợ, tên chủ giặc lấy làm lạ hỏi tên thông ngôn. Tên thông ngôn trỏ Văn Đạt nói rằng: “Người này là kiệt hiệt nhất trong đảng” . Vì thế Văn Đạt bị giết, năm ấy ông mới 34 tuổi. “Ta Hồ Huân Nghiệp” có đoạn: “Đến lúc sắp phải hành hình, Huân Nghiệp sửa mặt, sửa khăn áo ung dung đọc bốn câu thơ rồi chịu chém. Ai nâý cũng rơi nước mắt. Ông mất mới 36 tuổi”.

   Tại miệt Gò Công, ông hợp tác với Trương Định phát động một phong trào chống Pháp rộng lớn. Năm 1862 , ba tỉnh miền Đông Nam Kỳ bị mất, ông giữ chức Đốc học Vĩnh Long, vẫn liên lạc với các sĩ phu yêu nước và theo dõi, giúp đỡ cuộc kháng chiến của Trương Định. ông còn tích cực hưởng ứng phong trào “tỵ địa”. Khi quân Pháp chiếm cả ba tỉnh miền Tây, ông cùng nhiều người yêu nước lỵ địa ra Bình Thuận. Ông xướng lập ra “Đồng Châu thư xã” nơi hội tụ các nhà văn thân yêu nước bình luận văn thơ. Đồng Châu thư xã còn in các tác phẩm văn thơ yêu nước. Tại đây đã in cuốn “Việt sử cương giám khảo lược” của Quốc sử quán triều Nguyễn, trong đó có sự đóng góp quan trọng của ông. Đồng Châu thư xã không chỉ đơn thuần là nơi các nhà nho bình luận văn thơ, xuất bản sách, mà Nguyễn Thông còn tổ chức lực lượng chống Pháp.

   Nguyễn Thông tỵ nạn ở Bình Thuận nhưng vẫn da diết nhớ quê hương. Tâm sự đó được biểu hiện trong thơ. Trong bài thơ “Tiễn vợ là Ngô Vũ Khanh về Nam thăm quê”, đã nói rõ cảnh biệt ly “Vầng trăng ai xẻ làm đôi”.

      Nhị thiên sinh nguyệt nhất chu hoan
   (Một vầng trăng sáng chia đôi, một chiếc thuyền lênh đênh trở về). 

   Bài thơ kết bằng hai câu:
      Tạc dạ thuận lo giang thương mộng,
      Tiên tỳ hoàn bội đáo gia san.

   Dịch nghĩa:
   Đêm hôm qua nằm mơ tưởng cái thú canh rau cần chả cá vược (những thú ở quê) ở trên sông quê hương 
   Và giấc mơ ấy đã theo vòng xuyến của vợ về quê nhà trước rồi

   Nguyễn Thông nhớ quê hương không lúc nào nguôi. Có một người nông dân biếu ông một đời chim đa đa để ăn thịt. Chợt ông nhớ người xưa gọi chim đa đa là chim hoài Nam. Ông thả cho chim bay về Nam và làm bài thơ:

      Cành Nam nay thả mày về lại
      Bạn cũ gà rừng mặc sức chơi
      Bên suối uống ăn nên cẩn thận
      Chút thân đừng để lọt tay ai.

   Tại Bình Thuận, Nguyễn Thông làm nhiều bài thơ tiễn bạn ra Bắc, vào Nam. Trong đó có bài thơ “Tiễn Nguyễn Thiện Quan vào Gia Định”. Thiện Quan xưa là bạn chiến đấu với ông. Nay được vua Tự Đức cử vào Gia Định làm Lãnh sự để giao thiệp với Pháp. Bài thơ thấm đậm nỗi buồn rầu, lo lắng:

      …Không biết gọi nhau lần sau ở chỗ nào,
      Vậy nên ngồi buồn rầu rầu tóc bạc đầu thành ông già cả rồi.
      Bây giờ triều đình đang có việc lo về miền Nam
      Tôi bực không có thiên Trù hải tặng ông,
      Ngoảnh đầu về miền Nam bâng khuâng nhìn mây lồng càng rợp

   Cuối năm 1867, Nguyễn Thông được điều về Khánh Hòa làm Án sát. Ông đã dâng biểu cho Tự Đức cải cách chính sự, chú trọng chọn người hiền tài làm quan, trừ bọn tham nhũng, tăng cường võ bị, cải tiến thuế và thực hiện chính sách khoan hậu với nhân dân. Sau đó ông bị bệnh, ông xin về nghỉ. Năm 1870 , ông về Huế làm Biện lý bộ Hình. Sau đó ông được điều về Quảng Ngãi làm Bố Chính. 

   Trong ba năm làm Bố chánh, ông đã thực hiện chủ trương “Thực lực binh cường”, đã hô hào, giúp đỡ nhân dân đắp đập, đào kênh, làm thủy lợi, đắp đường giao thông. ông đã tập trung công sức trong một thời gian dài khẩn hoang ở vùng La Ngư. Chính thời gian này ông đã dâng sớ cho Tự Đức về “Biểu về việc doanh điền”. Khu khẩn hoang La Ngư đã kết hợp tài tình giữa doanh điền với căn cứ kháng chiến. Vì vậy giặc Pháp buộc triều đình Huế cản trở công việc của ông.

   Nguyễn Thông cũng đã xây dựng Phan Thiết thành một khu vực có sản xuất nông nghiệp có đánh cá, xây dựng thành khu thương mại, có lò nấu nước mắm, và dự kiến mở mang trường học, khai hóa dân trí. Ý tưởng của ông không thực hiện được vì chính sách “bế quan tỏa cảng” của triều Tự Đức. 

   Bằng hành động của mình ông đã là nhà khuyến nông, nhà bảo vệ sinh thái. Thể hiện rõ nhất là bài ký: “Đinh gia Yển ký”. Bài Ký này đầu tiên được các ông Cao Tư Hanh, Đoàn Lê Giang nhắc đến trong tập “Tác phẩm Nguyễn Thông”, do sở Văn hóa – Thông tin Quảng Ngãi ấn hành năm 1984, nhưng các tác giả chưa có toàn văn bài ký để công bố. Đến năm 1994, nhà giáo Nguyễn Đình Thảng được ông Trần Tê, cháu ngoại cụ Nguyễn Duy Tư, người sáng tác “Bài phú Đập ông Cá” tặng cho một bản chép tay nói là chép từ một tấm bia dựng năm 1910. Ông Nguyễn Đình Thảng đã dịch nghĩa bài ký đó và đăng trên Tạp chí “Cấm Thành” số 1 năm 1984. Ông Nguyễn Đình Thảng viết: “Nghe đâu tấm bia này hiện vẫn còn ở xã Bình Mỹ huyện Bình Sơn (Quảng Ngãi)”. Sau đó Bài ký được ông Ca Văn Thỉnh và ông Bảo Định Giang dịch, đưa vào tập “Nguyễn Thông con người và sự nghiệp”.

   Bấy giờ hạt Quảng Ngãi đất rất xấu, dân nghèo. Nguyễn Thông làm tại chức được hơn một năm, đào ngòi cứ, đắp đập, đắp bờ dẹp yên tệ lại nhũng, trấn áp bọn cường hào, dân được dễ chịu. Nhưng công việc cũng chưa xong, lại có án mạng, tội nặng đem xử nhẹ, bị phạt ly chức. Dân được tin liền kêu xin cho ông. Năm Tự Đức 27 (1874) lại được khởi phục làm Tư vụ lĩnh Lễ bộ chủ sự. Triều đình lại cử lĩnh Quốc tử giám tư nghiệp tham gia khảo duyệt bộ Khâm định Việt sử thông giám cương mục.

   Năm 1877 triều đình cử ông về Bình Thuận làm Dinh điền sứ, tổ chức khai hoang ở Tây Nguyên. ông tổ chức khai hoang, thành lập các ấp trại mới. Các nông trại đều được chính ông khảo sát và đều được bảo vệ bằng “trong lũy, ngoài hào”, trồng tre mây tạo thành hàng rào kiên cố. Ông cho đắp đường giao thông, đào kênh mương từ trong trại, ấp ra cánh đồng, từ cánh đồng trại ấp này sang trại ấp khác. Ông còn cho giữ lại những dải rừng cây rậm rạp ở hai bên đường và mương dẫn nước. Thời bình thì phục vụ sản xuất nông nghiệp, giao thông, nhưng thời chiến thì trở thành hào, lũy, phục vụ chiến đấu. ông còn xây dựng lực lượng dân binh, trang bị vũ khí, và huấn luyện quân sự thường xuyên.

   Những việc làm của ông ở Tây Nguyên làm cho bọn cầm quyền Pháp ở Sài Gòn lo ngại. Chúng vin cớ hòa ước đã ký không được xây dựng căn cứ quân sự và gửi thư ra triều đình Huế phản đối. Tự Đức và triều thần vốn sẵn có tư tưởng đầu hàng, nên đã run sợ trước lời buộc tội của thực dân Pháp, lệnh cho ông đình chỉ những việc ông đang làm. Để ngăn cách ông với dân cư ở khu mới khai hoang ở Tây Nguyên, triều đình Huế cử ông làm Phó sứ điền nông kiêm đốc học tỉnh Bình Thuận.

   Năm Tự Đức thứ 32 (1879), địa phương gặp có báo động, vì có người Man nổi dậy, vua sai Nguyễn Thông cùng với Phan Trung điền nông sứ xử trí. Khi xong việc, Nguyên Thông được thăng Hồng lô Tự khanh sung Điển nông phó sứ kiêm lĩnh Học chính rồi sau mất năm 1894 thọ 68 tuổi. Mộ phần ông hiện nay còn ở Bình Thuận.

   Nguyễn Thông không những là nhà cải cách chính trị, nhà quân sự, nhà giáo dục, nhà khuyến nông, nhà thương nghiệp mà ông còn là nhà thơ, nhà sử học, nhà địa lý. Đến nay tác phẩm còn lại có các tập Ngoạ du sào thi, văn tập, Kỳ Xuyên thi văn sao, Độn Am văn tập, Kỳ Xuyên công độc, Việt sử Cương giám khảo lược.