Phan Trung tự là Tử Đan, tên hiệu là Bút Phong trước tên là Cự Chính. Tổ tiên gốc người Phúc Kiến, Trung Quốc, tổ bốn đời sang nước Việt cư trú tại Ninh Thuận, tỉnh Khánh Hòa. Ông là người cương nghị có khí tiết. 

Năm Thiệu Trị thứ nhất (1841) đỗ Cử nhân, làm Tri huyện Tân Thịnh. Song vì có việc kiện tụng bị cách chức.

Năm Tự Đức thứ 14 (tháng 9/1861) ông đang là tùy phái Gia Định, đã chiêu mộ được 2000 nghĩa binh, thành lập 2 cơ. Đội quân của ông cùng với hơn 6000 quân của Trương Định, Phó quản cơ Gia Định, 2000 quân của Tri phủ Phước Long Nguyễn Thành ý, Tri phủ Phước Tuy, Gia Định hợp binh đánh Pháp nhiều trận. Ông được khôi phục quan tịch và thăng Thị giảng Học sĩ.

Cũng như Trương Định, Phan Trung chống lệnh bãi binh của triều đình. Từ sau tháng 8/1862 , Phan Trung vẫn ra vào vùng núi Gia Định, Định Tường, Biên Hòa để liêu diệt quân Pháp và bọn lính mã tà (dân đạo Thiên Chúa đi lính cho Pháp). Giặc Pháp rất hoảng sợ và căm tức, song không làm gì được ông.

Khi Phan Trung hoạt động ở Phan Rang (Bình Thuận) thực dân Pháp khiếp sợ, đòi quan tỉnh Bình Thuận phải giải tán nghĩa quân và bắt Phan Trung giao cho chúng. Triều đình Huế sợ quân Pháp, một mặt lệnh cho Phan Trung rút quân đi nơi khác, một mặt phái người đi gặp Pháp để dàn xếp.

Phan Trung chuyển nghĩa quân đến Phan Rang hoạt động Ông mang hàm Hàn lâm viện Thị giảng học sĩ và giữ chức Tri huyện.

Phan Trung đưa nghĩa quân đến khai thác đồn điền ở Tính Linh gần đồn Bảo Chính thuộc tỉnh Bình Thuận, giáp ranh khu vực quân Pháp chiếm đóng. Phan Trung chỉ mượn cớ mở mang đồn điền để sản xuất tích trữ lương thực, đồng thời đào hào, đắp lũy thành một cứ điểm quân sự. Hơn 500 người đang khai khẩn đồn điền là nghĩa quân trực chiến dưới quyền chỉ huy của Phan Trung từ năm 1861.

Giặc Pháp lo sợ nghĩa quân Phan Trung sẽ từ đồn điền uy hiếp chúng. Tháng 2/1865, nghĩa quân dưới sự chỉ huy của Phan Trung hoạt động mạnh ở Phan Rang (Bình Thuận), thực dân Pháp hoảng sợ yêu cầu quan tỉnh Bình Thuận ra lệnh giải tán nghĩa quân và bắt giao Phan Trung cho chúng xử lý. Triều đình ra lệnh cho Phan Trung chuyển quân đi nơi khác và cho người thương lượng với Pháp. Đến tháng 7/1866, chúng đòi triều đình Huế phải khám xét, xác định rõ ràng địa giới của đồn điền Bảo chính. Triều đình phải cử Nguyễn Văn Phương – Doanh điền sứ Bình Thuận – Khánh Hòa – Phú Yên đi làm việc này với ông mới được sung chức bổ Thị độc học sĩ, sung Khánh Hòa điền nông sứ, cấp cho ấn quan phòng và sai bọn dũng mộ đi khẩn điền. Bắt đầu đến nhận chức, Trung cùng với Bình Thuận Doanh điền sứ Nguyễn Văn Phương điều bắt dân phu đào con cừ Đồng Mới dài 1023 trượng, thủy thế làm cho hơn 2000 mẫu ruộng đất có nước cày cấy dân được tiện lợi.

Tháng 9/1867, quân Pháp lại ép triều đình Huế chuyển Phan Trung cùng số người đang khai khẩn đồn điền ở Tính Linh đi nơi đi nơi khác để bảo đảm an toàn cho chúng. Triều đình Huế phải nghe theo, liền cấp ấn “Khâm phái quan phòng” cho Phan Trung và bắt chuyển số “cựu nghĩa binh” đó đi khai khẩn đất hoang ở các tỉnh Khánh Hòa, Bình Định, Phú Yên để được lòng Pháp. 

Năm Tự Đức thứ 32 (1879), Phan Trung được sung làm Tả trực kỹ khâm điểm (Quan ở địa phương được vua chấm về kinh chúc hỗ). Vua cho vời vào điện riêng. Trung tâu thưa từng khoản tường tận. Vua khen là người trung nghĩa khảng khái, cho bạt bổ thị lang Hộ bộ, vẫn sung chức Điền Nông sứ.

Năm Tự Đức thứ 35 (1883), Phan Trung được triệu về kinh. Năm đầu Phúc Kiến (1884), ông xin về nghỉ rồi mất, thọ 71 tuổi.